Luego del sorteo realizado por la Dimayor, quedaron definidas las llaves de los cuartos de final de la Liga Águila II – 2016. Los equipos cabezas de serie, es decir los que clasificaron de la posición 1 a la 4 comenzarán sus series como visitantes y cerrarán en casa. Las llaves quedaron conformadas de la siguiente manera:
Llave A
Nacional vs. Millonarios 
Llave B
Cali vs. Bucaramanga
Llave C
Tolima vs. Patriotas
Llave D
Santa Fe vs. Medellín
Las fechas establecidas inicialmente para los cuartos de final, semifinal y final son:
Cuartos de final ida: 26 y 27 de noviembre
Cuartos de final vuelta: 30 de noviembre y 1 de diciembre
Semifinales ida: 3 y 4 de diciembre
Semifinales vuelta: 7 y 8 de diciembre
Final ida: 11 de diciembre
Final vuelta: 17 de diciembre
Estas fechas pueden cambiar si Atlético Nacional avanza a la final de la Copa Sudamericana. Aquí pueden consultar como quedarían esas fechas si el club antioqueño clasifica.
En semifinales se enfrentarán el ganador de la llave A con el de la D, y el vencedor de la llave B con el de la C.
